Regente Honorária do Coro da Osesp – título que recebeu em 2014 –, Naomi Munakata iniciou seus estudos musicais ao piano aos quatro anos de idade e começou a cantar aos sete, no coral regido por seu pai, Motoi Munakata. Estudou ainda violino e harpa. Formou-se em Composição e Regência em 1978, pela Faculdade de Música do Instituto Musical de São Paulo, na classe de Roberto Schnorrenberg.

A vocação para a regência começou a ser trabalhada em 1973, com os maestros Eleazar de Carvalho, Hugh Ross, Sérgio Magnani e John Neschling. Anos depois, essa opção lhe valeria o prêmio de Melhor Regente Coral, pela Associação Paulista dos Críticos de Arte. Estudou ainda regência, análise e contraponto com Hans Joachim Koellreutter. Como bolsista da Fundação VITAE, foi para a Suécia estudar com o maestro Eric Ericson. Em 1986, recebeu do governo japonês uma bolsa de estudos para aperfeiçoar-se em regência na Universidade de Tóquio.

Foi diretora da Escola Municipal de Música de São Paulo, diretora artística e regente do Coral Jovem do Estado, regente assistente do Coral Paulistano e professora na Faculdade Santa Marcelina e na Faame e hoje é regente titular do Coral Paulistano Mário de Andrade.